أحد الكتب التي استخرجها الذهبي من كتابه الضخم: (تاريخ الإسلام) . فأسقط الحوادث، مكتفياً بالوفيات. ومن هنا جاءت مطبوعته في (23) مجلداً، قريباً من نصف مطبوعة تاريخ الإسلام. وقد ضمنه روايات لم يودعها التاريخ، وتوسع في بعض تراجمه، إلا أنه لم يضف تراجم جديدة، سوى التي في الذيل. يرجح أنه شرع في ترتيبه سنة (732هـ) . وهو مرتب على (35) طبقة، من بدء الإسلام حتى سنة 700هـ. وألحق به (ذيلاً) من سنة 700 حتى 740هـ في خمس طبقات. ولم يلتزم في مفهوم الطبقة مدة محددة، فبينما بلغت الطبقة (31) 26 سنة، بلغت الطبقة (35) 9 سنوات. طبع بإشراف الشيخ شعيب الأرنؤوط وتحقيق طائفة من المحققين، من أبرزهم د. بشار عواد معروف. وضموا إلى الكتاب ما يخص السيرة النبوية من كتاب التاريخ بموجب وصية الذهبي الموجودة على طرة المجلد الثالث من نسخة مكتبة أحمد الثالث، وفي حاشية الورقة (98) من المجلد الثاني. أما (سير الخلفاء الراشدين) فهي من عمل المحققين إستناداً إلى منهج الذهبي. انظر مقدمة د. بشار (مؤسسة الرسالة ص7) . ومن فهارس الكتاب المفيدة: فهرس أقوال الذهبي. وصلنا الكتاب في عدة نسخ مخطوطة، منها قرابة نصف الكتاب بخط الذهبي، وعلى الجزء الثاني منه سماع بخط الصفدي (ت764هـ) وعلى طرته نص وقفية الكتاب على المدرسة المحمودية بالقاهرة، وتاريخها 25 / شعبان / 797هـ. وهي النسخة التي نقلها الأتراك إلى خزانة جامع أياصوفيا. واستدرك عليه الحافظ تقي الدين الفاسي: محمد بن أحمد (ت832هـ) ما فاته في كتاب سماه (تعريف ذوي العلاء بمن لم يذكره الذهبي من النبلاء) . وللذهبي كتاب آخر، خلط بعض المعاصرين بينه وبين كتابه هذا، وهو: (النبلاء في شيوخ الستة) اختصر فيه أسماء رجال الكتب الستة مرتبة على المعجم. وانظر ما كتبه د. بشار عواد معروف عن الكتاب في كتابه: (الذهبي ومنهجه في كتابه تاريخ الإسلام) . وفيه تعريف بزهاء (214) أثراً من آثار الذهبي، من أطرفها: (تشبيه الخسيس بأهل الخميس) في التحذير من تقليد أهل الكتاب في أعيادها. و (الرسالة الذهبية إلى ابن تيمية) ينصحه فيها ويعاتبه، وهي منشورة مع كتابه (بيان زغل العلم) ومن الباحثين من يرى أنها مزورة عليه. و (القبان في أصحاب ابن تيمية) و (الدرة اليتيمية في سيرة التيمية) و (أهل المائة فصاعداً. ط) في مشاهير المعمرين. قال الصفدي: (لم أجد عنده جمود المحدثين، ولا كودنة النقلة، بل هو فقيه النظر)
كتاب في الجرح والتعديل ألفه الحافظ أبي عبد الله محمد بن أحمد بن عثمان بن قايماز شمس الدين الذهبي، وهو كتاب جامع لنقد رواة الآثار حاو لتراجم ائمة الأخبار، ألفه الذهبي بعد تأليفه "المغني في الضعفاء" الذي اعتمد فيه على كثير من المراجع، وقد زاد في "الميزان" رجالا لم يكن ذكرهم في "المغني"، وقد ذكر المؤلف في الكتاب الرواه: الكذابين، والمتروكين، والضعفاء، وعلى الحفاظ الذين في دينهم رقة، وعلى من يقبل في الشواهد، وعلى الصادقين أو المستورين الذين فيهم لين، والمجهولين، والثقات الذين تكلم فيهم من لا يلتفت إليه. قال الذهبي : "قد احتوى كتابي هذا على ذكر الكذابين والوضاعين، ثم على المحدثين الصادقين أو الشيوخ المستورين الذين فيهم لين ولم يبلغوا رتبة الأثبات المتقنين، ثم على خلق كثير من المجهولين".
«الكاشف» كتاب تقتحمه العين من لطف حجمه إذا ما قورن بغيره؛ لكنه في الحقيقة معلِّم مدرِّب، ومحرَّر معتمد، وللإنصاف: هو كتاب دربة وتعليم أكثر من كونه مرجعاً.
اختصر فيه مؤلفه الإمام الذهبي كتاب شيخه المزي ( تهذيب الكمال ) ولم يذكر فيه الذهبي سوى رواة الكتب الستة ولم يتعدّاها إلى غيرها .
قال فيه الذهبي : فجاء في عُشر الأصل .
اعتنى الإمام بكتابه كثيراً، فضبطه بخط يده، وقيَّد ما يحتاج إلى تقييد، واستخدم طريقة الرموز للمؤلفين، وكان ذا دقة متناهية.
يمثل كتاب المعين في طبقات المحدثين أهمية خاصة لدى باحثي التراجم والأعلام؛ حيث يندرج ضمن نطاق مؤلفات التراجم وما يرتبط بها من فروع الفكر الاجتماعي والثقافة.